巢湖雏形大约在晚更新世开始沉降形成，距今已有一万余年。巢湖自形成后，面积逐渐扩大，最大时的巢湖湖盆比今天的湖区要大得多，西可能到六安的双河镇，北近合肥大兴镇，南到庐江金牛镇，东到巢湖夏阁镇，并且是西半湖的面积远大于东半湖的面积。由于气候、构造和泥沙的淤积以及人类在近代的大量围湖造田而逐渐萎缩成为现今的形状。

2020年7月25日巢湖水位13.5m时巢湖影像图

距今8500—5000年间，这个时期由于气候转暖，降雨量充沛，巢湖面积达到鼎盛时期，约为2123km²。北至合肥大兴镇，东至巢湖市的夏阁镇以北地区，西至六安双河镇，西南至舒城县马家河口镇，此时的巢湖湖盆范围达到最大，湖汊也较多。

大约在距今3600—2800年间，气候又变得较为干冷，造成湖盆范围缩小，湖盆面积为1384km²。由于此时的气候变冷，湖盆收缩，人类活动向湖沼地区推进，湖盆水面开始缩小，北边退缩到合肥大兴镇，西边退缩到肥西桃溪镇东边，南边退缩到庐江金牛镇，东边到巢湖的夏阁镇。

距今3600—2800年巢湖湖盆范围

到了东汉末年至距今约400年—350年，湖泊萎缩，古人类活动向湖推进，湖盆范围缩小，北到合肥大兴镇，西到肥西三河镇，南到庐江石头镇，东到巢湖柘皋镇，面积缩小约为1115km²。

距今400—350年巢湖湖盆范围

到了宋代之后（721）至350年—200年巢湖的面积缩小到830km²，在距今约200年—150年时人类开始大量围湖造田，特别是庐江、肥西两县。巢湖仅清代200多年间，沿湖围垦面积就达62.8万亩。原湖湾所在的杭埠河、南淝河、柘皋河及裕溪河的沿湖河口三角洲圩田，在人们未围垦之前为巢湖四大湖湾，后经河川泥沙的淤积形成河口三角洲或湖泊滩地。

距今350—150年巢湖湖盆范围

到了清代末年的围湖造田尤为强烈，一直到一九四九年后这种现象仍然存在。湖泊面积缩小到787km²。形成了今天的巢湖面貌，巢湖由此进入了现代发育阶段，现在的河（湖）漫滩其海拨高度一般为6―8m。

距今150年—现在巢湖湖盆范围