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GENEVESTIGATOR®-表达谱数据挖掘比对云平台
2024-12-27 05:31
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GENEVESTIGATOR®是基因表达的高性能搜索引擎。它集成了上万由专家人工精选、注释的公共芯片和测序的实验结果,将基因在不同的生物环境中,如疾病、药物、组织部位、肿瘤、细胞系或基因型等条件下的表达进行了归一化和可视化,以探索不同生物环境下,基因的表达情况以及基因与生物环境的潜在联系。

GENEVESTIGATOR®-表达谱数据挖掘比对云平台


通过GENEVESTIGATOR®可以进行什么研究?
♦ 研究不同药物和疾病环境下的基因功能与机制
♦ 优化已有药物靶点和疾病分子标志物Biomarkers
♦ 发掘新药物靶点和疾病分子标志物Biomarkers
♦ 基于数以千计的实验数据更好的阐释自身实验结果
♦ 预测药物副作用,搜寻导致药物靶基因高表达的生物环境
♦ 发掘化合物适用病症,实现药物重定位
♦ 构建基因调节网络,搜寻不同生物环境下的共表达基因
♦ 关联基因与生物环境,包括疾病、药物、组织部位、肿瘤、细胞系和基因型等
♦ 比对大量相似实验,提升自身实验设计

大规模数据,涵盖各个领域,专业化注释分层
公共基因表达谱数据中蕴藏着未被挖掘的宝贵信息,例如基因表达数据库(GEO)和Array Express中收集了大量的基因表达研究数据。通常情况下,实验数据被实验人员自行提交, 这个过程缺乏质量控制和统一管理,可能会产生描述模糊或丢失、样本冗余或错误、数据质量不佳等问题。
GENEVESTIGATOR®从众多公共基因组数据库中收集了超过285,000例来自不同领域、物种、实验的样本数据集。专家团队重新归纳和架构实验结果,通过阅读实验所对应的原文,补充材料,访问网站甚至和作者联系获取数据库中每个样本真实的描述,收录质量合格的数据,对其进行全局归一化,用标准化的语言对实验和样本重新进行描述,解决了大规模公共实验数据无法横向对比的难题。

动物研究和植物研究方向的数据统计
GENEVESTIGATOR®中动物模块中收集了超过250,000例来自不同动物模型的样本数据,植物模块中收集了超过25,000例来自不同的植物与农作物模型的样本数据,以及超过2,000例来自酵母和大肠杆菌的样本数据。在植物学领域,相关引用次数超过3000篇。

研究领域
GENEVESTIGATOR®的研究领域覆盖18个领域,拥有超过500种疾病、数千种药物/化合物治疗研究及毒性研究的数据集。

多样化工具,各角度出发,阐释基因与环境联系
单实验分析工具——针对特定单一实验
♦  多元可视化特定实验中样本表达量
♦  按实验设计或自定义差异表达分析

生物环境检索工具——探索影响基因表达的生物环境
♦  特定基因组在不同组织部位、细胞系与肿瘤条件下的表达情况
♦  特定基因组在不同扰动条件,如疾病、药物、激素条件下的特异性上下调情况
♦  特定基因组在生物不同发育阶段的表达情况

基因检索工具——探索特定生物环境下特异性表达的基因
♦  特定组织部位、细胞系与肿瘤条件下特异性表达的基因组
♦  特定扰动条件,如疾病、药物、激素条件下特异性上下调的基因组
♦  特定生物发育阶段特异性表达的基因组
♦  可做实验内参稳定表达的看家基因组
♦  特定基因在不同物种中的同源基因

相似性检索工具——探索基因与生物环境的深层联系
♦  分组聚类具有相似表达图谱的基因或生物环境
♦  构建不同生物环境下的基因共表达网络
♦  发掘与药物靶点或疾病分子标志物Biomarkers具有相似性或相反性表达的扰动条件
♦  发掘在限定生物环境下具有相似表达图谱的基因亚集
♦  特定基因组的生物功能富集与注释
♦  可视化不同生物环境下特定的基因对的表达关系

简单的操作,直观的展示,图形化工具
GENEVESTIGATOR®操作简单,执行分析只需点击图片代表的按钮,采用盒形图、散点图、折线图、热图与火山图的形式直观的展示基因表达情况,支持各类算法图形的生成,包括聚类树、基因共表达网络与生物通路Venn图。

直观对比不同组织、细胞系、肿瘤条件下的基因表达情况
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