有时候，分析已发表数据的时候，避免不了会遇到作者上传的数据是BAM格式，但是作者用的基因组又不是我想要的，所以我就需要将BAM转换为FASTQ，另外，有些特殊的测序，或者某些仪器的产出，或者某些测序公司的偏好，返还的数据是BAM格式（包含更全面的信息），加上许多分析工具都是需要以FASTQ文件为起始输入，所以需要将BAM转换为FASTQ。BAM转换为FASTQ是生信分析中的常见步骤，虽然现在还没遇到，提前整理，以备不时之需😑工具有很多，接下来就罗列几个工具
Samtools 应该是圈子内最出名的几个工具之一了，应用十分广泛，专精于SAM、BAM格式文件的操作，被整合到各种分析流程之中，比如ATAC-seq、ChIP-seq等等。应用Samtools将BAM转换为Fastq要分为两步：
- 根据Read Name排序：
- 转换，两种方式：
- 直接转换
- 先转换为fq，再拆分
转换：
拆分：对于双端测序数据，序列名字尾端会被加上 /1 或者 /2
更多详见：http://www.htslib.org/doc/samtools.html
PS: 是新版的命令，而，是旧版的命令（1.13之前？忘记了）
Bedtools，可用于各种分析流程，可以对例如BAM、BED、GFF/GTF、VCF等文件进行计数、合并、整合等各种操作。其提供了一个工具：bamtofastq，用于转换，但是对单端或者双端测序操作略有不同：
- 单端：
- 双端：
- 按序列名称排序：
- 转换：
更多详见：http://bedtools.readthedocs.org/en/latest/content/tools/bamtofastq.html
Picard是一个基于Java开发的工具，用于处理测序数据，我接触的用途更多是去除PCR重复。它提供了一个工具：SamToFastq，可用于BAM到FASTQ的转换：，双端就用参数，单端就是
更多详见：http://broadinstitute.github.io/picard/command-line-overview.html#SamToFastq
10X的测序很火，加上数据很多且大，有些人发文章上传原始数据的时候就会选择二进制的BAM文件，方便数据的有效利用，所以10X搞了一个工具，专门针对其产品的BAM向Fastq转换，包括：
- cellranger (see exceptions below)
- cellranger-atac
- cellranger-arc
- cellranger-dna
- spaceranger
- longranger
以上分析流程产出的BAM文件，可以直接使用命令行：，执行BAM向Fastq转换，该工具也被内置在上面提到的流程中，存在于安装位置的目录中，比如，使用方法：，比如： 、